現代醫藥物流管理系統是通過入庫業務、出庫業務、倉庫調撥、庫存調撥和虛倉管理等功能，綜合批次管理、物料對應、庫存盤點、質檢管理、虛倉管理和即時庫存管理等功能綜合運用的管理系統，有效控制并跟蹤倉庫業務的物流和成本管理全過程，實現完善的企業倉儲信息管理。該系統可以獨立執行庫存操作，與其他系統的單據和憑證等結合使用，可提供更為完整全面的企業業務流程和財務管理信息。
醫藥物流管理系統功能模塊：管理單獨訂單處理及庫存控制、基本信息管理、貨物流管理、信息報表、收貨管理、揀選管理、盤點管理、移庫管理、打印管理和后臺服務系統等。
醫藥物流系統是作業系統(標注化作業，固化作業流程，減少不同作業差異)，細節決定成敗，一個小小的流程改善可能節省N多時間和N多勞力，同樣一個小小疏忽就能浪費N多時間和N多勞力。一線作業員工辛苦，要想盡一切辦法在提高效率降低成本的基礎上減少員工的勞動強度、減少不必要的作業、縮短動線、減少重復操作。