醫藥物流中心的倉儲管理應運用先進的庫存管理方法，如ABC庫存法、零庫存管理方法等方法，運用物聯網信息化技術結合這些先進的方法會使得醫藥物流中心的倉儲管理技術上升到一個新高度。
1.ABC庫存管理方法
醫藥物流中心的倉儲區應用合適的倉儲策略，有效提高倉儲作業效率，降低物流成本。目前常見的存儲策略有固定貨位存儲及隨機貨位存儲方法，但ABC貨位存儲方法具有更明顯的優勢和更寬廣的適應范圍。
ABC庫存管理方法是一種將庫存按年度貨幣占用量分為三類，通過分析，找出主次，分類排隊，并根據其不同情況分別加以管理的方法。根據品類和出貨總量對倉庫內的物品進行A、B、C分類管理，根據分類結果對A、B、C三種類型的商品采用不同的管理策略。
實施ABC存儲策略對物流中心倉儲管理有著重要的意義。一方面，能夠提高貨架的利用率，有效的利用倉庫資源。另一方面，貨位的規范化管理能夠提高收發貨作業和分揀作業效率，對提高物流中心倉儲整體的響應速度有著重要的作用。
2.零庫存管理方法
所謂的零庫存，并不是等于不要儲備和沒有儲備。零庫存管理應當包含以下兩層意義：一是庫存貨物的數量最小化；二是庫存設施、設備的數量及庫存勞動耗費同時最小化。
零庫存管理實現的方式有很多，醫藥物流中心可通過建立完善的物流系統，實行合理的配送方式，使物品在運輸中實現存儲，從而實現零庫存。同時物流中心可可通過不同的配送方式來實現，如采用“多批次、少批量”的方式向用戶配送貨物，采用集中庫存的方法向用戶配送貨物，采用“即時配送”和“準時配送”的方法向用戶配送貨物等。這種方法具有供貨時間靈活、穩定、供貨彈性系數大等特點，可降低單位產品成本，同時，在這種有保障的配送服務體系支持下，庫存也會自然日趨減少，庫存壓力能夠大幅度減輕。